强基计划不同院校的培养模式也不尽相同，但基本大同小异，概括为严格、定向、精准、开放、全面培养。总体上包括以下方面：
1、书院制。
典型的比如清华大学设立五大书院，集中优质资源对不同专业学生进行管理。
2、导师制。
北京大学实行“1+X”导师制，聘请院士、教授等任导师，每位学生至少配备一名博导为指导教师。
3、本硕博衔接培养。
清华、复旦、上交、华中大等很多学校明确指出可以本硕博衔接培养，或免试读研、或直博。
4、国际化培养。
大部分学校有公派留学机会，可以参加国际项目和竞赛，接触国际尖端领域知识。
5、阶段性分流考核。
每学期或学年进行考核，不合格将转入普通班、优秀的将吸纳进入强基计划。
6、教学多元个性灵活。
小班化教学、科研实践项目资源多，强化数理基础，开放特色优势课程，全面素质培养。
7、专业限制。
大部分学校不能选择转其它专业，但是可以转其它强基计划专业。如清华大学指出通过强基计划录取的学生入校后原则上不得转到录取专业之外的专业就读。
