1、培养方向不同
全日制学术型硕士教育以培养教学和科研人才为主，授予学位的类型主要是学术型学位；全日制专业型硕士是克服学术型硕士的弱点，国家新增的培养特定高层次专门人才。
2、招生考试不同
全日制学术型硕士、全日制专业型硕士和在职专业型硕士的招生考试均是1月份的统考。
3、学制不同
从学制来说，全日制专业型硕士一般2~3年，其中不少于半年的实习期；而全日制学术型基本上以学习理论为主，学制一般为3~5年。而在校的主干课程基本上是完全一样，生活、学习与导师培养方式等等都没太大区别的。
4、培养方向不同
根据中国的有关规定，普通硕士教育以培养教学和科研人才为主，授予学位的类型主要是学术型学位；而专业硕士是具有职业背景的硕士学位，为培养特定职业高层次专门人才而设置。
学术硕士毕业后主要是去研究所搞研发工作，而专业硕士主要是进入企业发展，就业更灵活，发展空间更大。
