一、能报考的院校范围、数量不同
高考是各大院校选拔人才的主要途径，所以基本全国每所大学（包含重点院校和普通院校）都有一定的高考招考计划名额，而综合评价则是正常高考的辅助手段，是对高考制度的重要补充，并不是高考的另外招生。而综合评价招生报考院校有限，并不是每个院校都有招考资格。
二、招生模式不同
普通高考是属于全国统考，虽然不同省份对于不同地区的录取分数有所不同，但是招生范围都是面向全国的；而综合评价作为特殊招生手段，一般分为两种招生模式：
（1）全国范围招生：清华大学领军计划、北京大学博雅计划和上海纽约大学综合评价均面向全国进行招生。此外，北京外国语大学、中国科学院大学、南方科技大学等高校综合评价招生面向全国大多数省份进行。
（2）针对单个省份招生：上海市综合评价录取改革试点、浙江省三位一体综合评价招生、江苏省综合评价招生、山东省综合评价招生、广东省综合评价招生。
三、报考的专业范围不同
根据高考统考成绩所能填报的专业（包含所有文理专业）基本院校有会招录名额，而综合评价是高校招生的部分专业招生计划，像一些小语种专业就被高校专门提供给语言特长突出的考生，是高考统招计划里没有的。
四、考试程序不同
而普通高考只需要参加高考即可。但综合评价招生考试还需要参加高校测评考试，具体报考流程如下：
（1）考生自主申请报名。待高校综合评价简章发布后，考生自主申请报名，高校会对考生的申请材料进行审核，确定获得综合评价测试资格的名单。
（2）考生统一高考。参加综合评价的考生均需参加统一高考。
（3）高校综合评价测试。在高考结束后，高校组织综合评价测试。大部分高校为面试和体育测试。
（4）高校根据考生高考成绩、高校综合评价测试、学业水平成绩按一定比例则算，择优录取。
五、考试范围不同
目前大部分省市区的高考实行“3+X”方案：“3”指“语文、数学、外语”，“X”指由学生根据自己的意愿，自主从文科综合（思想政治、历史、地理）和理科综合（物理、化学、生物）2个综合科目中选择3个作为考试科目，一共考6个科目；而综合评价考试通常会涉及到笔试和面试，考核内容繁杂，涉及面广。
六、优惠政策不同
综合评价特殊招生手段，降低了高考裸分在录取结果中的占比。有些学生平时成绩很好，除了降低高考临场发挥失常的影响，还可以冲一冲更高水平的院校。而高考选拔形式除了少数民族地区的加分优惠等，普通考生是没有什么特殊优惠的。
七、选拔学生的录取标准不同
高考侧重选拔学习能力强，应试能力强的考生，属于“一考定输赢”；而综合测评选拔则侧重招收综合成绩突出，素质全面发展的学生，他的评分标准是把考生的综合素质评价、高校的自测评估成绩、高考成绩按照一定比例折算成综合分，最后按照综合分择优录取。
八、部分重点院校的教育资源分配有差异
相对于高考，部分重点院校对综合评价招考学生有一定的优待，如清华北大等在综合评价招生简章中明确提出后续培养计划，一些海外培训和参与项目机会等都会优先提供给综合评价招生而来的学生，一些中外合作的院校，如昆山杜克大学在招考简章中明确指出学校将根据对申请人的自主综合评估成绩颁发给符合标准的申请人不同额度的奖学金，最高可覆盖四年全额学费，按学年发放。所有申请人都将自动纳入奖学金的评估范围，无需单独申请。当然其他学校还要以各大院校具体招考简章为准。
九、对学生日后的规划发展影响不同
普通高考只需要参加统考，通过分数来自行填报专业志愿，而综合评价招生有可能会参加高校组织测试以及夏令营等活动，将有机会和名校的专家教授进行直接沟通交流，探讨问题。对考生今后的规划和发展都会有极大的帮助作用。
