第一、学科与专业的构成不同一般认为，一门独立学科的形成需要如下几个要素:一是研究的对象或研究的领域，即这门学科具有独特的、不可替代的研究对象，具有特殊的规律。二是理论体系，即形成特有的概念、原理、命题、规律，构成严密的逻辑系统。三是研究方法。专业的构成主要是由专业培养目标、课程体系和专业中的人。培养目标对整个专业活动起导向和规范作用，专业建设很大程度上取决于对专业培养目标的定位与设计。课程体系直接影响专业建设与发展，即课程体系合理与否、质量高低、实施效果好坏直接影响专业的人才培养质量。
第二、划分学科与设置专业依据的原则不同。学科划分遵循知识体系自身的逻辑。学科及其分支是相对稳定的知识体系，即使是在一些学科分化与综合的演变中形成的新的交叉学科、边缘学科和综合性学科，也都有自身相对稳定的研究领域。专业是按照社会对不同领域和岗位的专门人才的需要来设置的，处于学科体系与社会职业需求的交叉点。从大学的角度看，专业是为学科承担人才培养职能而设置的;从社会的角度看，专业是为满足从事某种社会职业所必需接受的训练而设置的。不同领域的专门人才需要什么样的知识结构，专业就组织相关的学科来满足。不同的社会发展阶段和发展水平要求有不同的专业设置及专业培养目标与之适应。专业以学科为依托，有时某个专业需要若干个学科支撑，有时某个学科又下设若干个专业。有时一个学科往往就是一个专业，当然除了一些公共基础知识。目前倡导的“跨学科专业”以培养复合型人才为目标，就是不同学科在教学功能上的交叉，而不仅仅是学科在自身发展意义上的交叉。
第三、学科与专业所追求的目标不同。学科发展的核心是知识的发现和创新。学科以本学科研究的成果为目标，向社会提供的产品一般称之为科研成果，科研成果又可分为科学型和技术型两种。专业则以为社会培养各级各类专业人才为己任，适应社会对不同层次人才在质量、数量上的具体要求专业的目标是出人才，所以专业自然要把目标定位在社会对人才的需求上。
学科与专业的区别表明了两者之间的不可替代性。学科与专业并存是高校的一种特有现象，两者相互依存、相互发展。专业是学科承担人才培养职能的基地，学科是专业发展的基础，任何一所高校的人才培养质量如何，取决于该高校的学科和专业水平。
