1、专业冷门
强基计划的定位是突出基础学科的支撑引领作用，所以各强基院校均是重点在数学、物理、化学、生物及历史、哲学、古文字学等相关专业招生。
数学类：数学与应用数学、统计学、信息与计算科学、数据科学与大数据技术、数理基础科学等。
物理类：物理学、应用物理学、地球与空间物理学、理论与应用力学、工程力学、核工程与核技术等。
化学类：化学、化学生物学、应用化学等。
生物学类：生物科学、生物信息、生物技术、生态学、化学生物学、生物医学科学。
医学类：基础医学、生物医学科学等。
历史学类：中国史、世界史、历史学等。
哲学类：哲学、宗教学等。
古文字学类：汉语言文学（古文字方向）。
可以看出，这些都是非常偏向理论的专业，应用性较差，对口工作一般是科研、学术研究或是教师行业，就业面比较窄，相关行业薪资待遇也比较差。
这也是强基计划招生困难最根本的原因。
但强基计划的目的和意义就在于此，所以金融财会计算机那些热门专业短期内很难进入强基计划。
2、锁档
强基计划录取在提前批之前，一旦被强基院校录取，你的学籍档案就会被锁定，其他院校及之后的各批次都无法查看到你的档案，也就无法录取你了。
也就是说，一旦被某一所强基院校录取，你就只能选择去上这所院校这个专业，或者复读。而复读的话，可能造成学籍档案混乱，被院校录取但不去报到这种行为，在有些省份甚至可能被计入诚信档案，这种选择浪费年华，而且风险也比较大。
这种有点绑架录取的做法也是最令人诟病的政策之一。
解决这个问题的唯一方法就是，不要参加校测。不参加校测也就不会被录取，对其他批次的录取也没有影响。所以这也造成很多院校的校测考场冷冷清清。
3、限报
限报表现在限报院校和限报专业两个方面。
在专业上，考生报考专业的数量和类别都是有限制的，但基本上考生也都有选择的余地。这项政策无可厚非。
但在院校上，考生只可报考一所强基院校，这就给了考生很大的限制，严重影响了考生的选择。但不同特招方式间可以兼报。
4、不能转专业
原则上，强基生入校后本科阶段不能转专业，有些学校有一些政策，允许强基生在同专业中转换不同的研究方向，但可转范围很小。
5、动态进出
并不是说成功被强基计划录取，屁股坐在强基班的椅子上就万事大吉了。各院校的强基班都会定期进行考核，考核不通过的会被退出强基计划，转入同专业普通班继续学习，而这时依旧是不可以转专业的。
所以如果被退出强基计划，损失是很大的，即失去了一切优惠的待遇，又没有得到转专业的权利，就读的还是一个“不太好”的专业。
有人出去自然就会有人进来，普通班的学生在经过自愿报名、教授推荐、考核通过等一系列操作后，也是可以进入强基班学习的，并享有一切强基计划所提供的优惠政策。
